وأشارت الوزارة إلى أن السبب الدقيق للإصابة غير معروف حتى الآن، إلا أن الأطباء يرجحون أن مجموعة من العوامل قد تتداخل معًا لتؤدي إلى ظهور الأعراض، منها: اضطراب في التواصل بين الدماغ والجهاز الهضمي، خلل في حركة الأمعاء، فرط نمو البكتيريا المعوية، الإصابة بعدوى سابقة، الحساسية الغذائية وعوامل وراثية ونفسية مثل القلق والاكتئاب.